‘문철’이라는 이름으로도 불리던 유문석(柳文碩) 요한은 전라도 전주의 초남(현 전북 완주군 이서면 남계리)에 거주하던 부유한 양반 집안에서 1784년에 태어났다. 1801년의 신유박해 순교자인 유항검(아우구스티노)은 그의 부친이고, 유중철(요한)은 그의 형이며, 이순이(누갈다)는 그의 형수가 된다.
  
   유문석 요한의 집안에서 천주교 신앙을 받아들이게 된 것은, 한국 천주교회가 창설된 직후 부친 유항검이 경기도 양근에 살던 인척 권일신(프란치스코 하비에르)으로부터 교리를 배워 입교하면서였다. 이후 부친은 가족과 친지들에게 널리 교리를 전하였고, 그의 집은 전라도 신앙 공동체의 중심지가 되었다. 이러한 환경으로 인해 요한은 어릴 때부터 신앙 안에서 자라나게 되었다.
  
   1795년 주문모(야고보) 신부가 초남 마을을 방문하였을 때 요한의 나이는 열한 살이었다. 그리고 2년 뒤에는 그의 형 유중철과 이순이가 동정 부부가 되기를 서약하고 혼인을 하였다.
  
   1801년 박해가 일어났을 때, 초남이에서는 요한의 부친 유항검이 가장 먼저 체포되어 한양으로 압송되었고, 이어 유중철과 친척들이 체포되어 전주 옥에 갇혔다. 이때 요한은 다행히 체포되지 않았으므로 여름 내내 전주 옥을 오가며 형에게 음식을 전해 줄 수 있었다.
  
   그러나 이러한 상황은 오래 가지 않았다. 그 해 9월 중순 무렵에는 유문석 요한도 남은 가족들과 함께 체포되어 전주 옥에 갇히고 말았다. 그는 이때 가족들과 함께 순교를 약속하면서 굳게 마음을 다졌는데, 그 내용은 그의 형수 이순이가 옥중에서 쓴 편지에 기록되어 있다.
  
   “우리 다섯 사람은 모두 이구동성으로 천주를 위해 순교하자고 언약하고, 철석같이 굳은 결심을 했습니다. 이렇게 서로 마음을 터놓고 이야기를 한 결과 우리의 원의가 같다는 것을 알게 되었으므로……자연히 온갖 후회와 근심 걱정이 잊혀졌습니다. 날이 갈수록 천주의 은혜와 은총은 쌓이고, 우리 마음에는 신락(神樂)이 더해지며, 아무 걱정도 남아 있는 것 같지 않았습니다.”
  
   이어 전주 관장은 요한과 그의 가족에 대한 판결을 조정에 요청하였고, 조정에서는 즉시 이를 담당할 관리를 전주로 파견하였다. 그 결과 요한은 11월 14일(음력 10월 9일)에 옥에서 끌려나와 형 유중철과 함께 교수형을 받았으니, 당시 그의 나이는 17세였다. 이때까지 그는 결혼을 하지 않았었다.